Franz Günthner fu affascinato dall'organo, sin dalla sua prima infanzia. Le inesauribili possibilità tonali, la vasta gamma di forme musicali di espressione di questo strumento creano sempre nuove motivazioni per il suo lavoro artistico.
Dopo gli studi musicali alla Staatliche Hochschule für Musik con particolare attenzione all'improvvisazione organistica e al Richard-Strauß-Konservatorium di Monaco di Baviera con particolare attenzione alla pratica esecutiva storica, dopo aver lavorato come musicista di chiesa a St. Bonifatius a Monaco e al Marienmünster di Dießen am Ammersee, Franz Günthner è responsabile dei distretti di Algovia, Alta Svevia e Lago di Costanza come cantore regionale della diocesi ROTTENBURG - STUTTGART dal novembre 2011.
A Leutkirch im Allgäu sviluppa una vivace attività musicale presso la chiesa parrocchiale di St. Martin (coro, cori di bambini, giovani e progetti, chola corale, formazione del cantore, suonare l'organo, serie di concerti tutto l'anno).
Come concertista e improvvisatore, Franz Günthner ha tenuto numerosi concerti in altri paesi europei negli ultimi anni, tra cui Italia, Polonia, Austria, Svizzera, Islanda, Francia, Svezia, Spagna e Belgio. Diverse registrazioni di CD e trasmissioni radiofoniche e televisive testimoniano il suo variegato lavoro musicale.
In riconoscimento dei suoi numerosi servizi alla musica sacra, nel dicembre 2021 è stato insignito del titolo di "Direttore musicale della Chiesa" dal vescovo Dr. Gebhard Fürst.
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